Подготовка врача-стоматолога проводится в два этапа: доклиническая подготовка, которая проводится на втором курсе, и клиническая, проводимая на 3, 4 и 5 курсах. Практические занятия проводятся как на собственной клинической базе Университета, так и на базах городских стоматологических ЛПУ (стоматологические поликлиники № 1, 20, 23, 30, 32), НУЗ «Дорожная клиническая поликлиника ОАО РЖД», Городская больница №2,Клиническая больница имени святителя Луки. Всего более 40 клинических баз для проведения теоретических и практических занятий со студентами факультета. Ежегодно заключаются договоры с Комитетом по здравоохранению Администрации Санкт-Петербурга, облздравотделом Ленинградской области другими регионами РФ о закреплении за СПбГМУ баз практики. Специальность обеспечена базами для проведения всех видов практик, предусмотренных государственным образовательным стандартом и учебным планом.